Las conclusiones más relevantes de esta investigación son las siguientes:

- En el toro de lidia hay presencia de los dos eventos de domesticación que se produjeron hace unos diez mil años en el Bos taurus, uno en Oriente Próximo (del que proceden la mayoría de las razas bovinas europeas actuales) y el otro en el Sahara Oriental.

- La diversidad genética observada en esta raza es más similar a la que se encuentra en las razas del Medio Oriente, lugar donde se produjo uno de los principales eventos de domesticación de este ganado, que a la de las razas europeas.

- La de lidia debería de ser considerada como una raza de razas, una metaraza, con una gran diversidad genética entre las unidades genéticas (encastes-ganaderías) que la constituyen.

- Dentro de la raza de lidia, la distancia genética entre encastes es, por término medio, casi tres veces mayor que la distancia que hay entre cualquier pareja de razas dentro del bovino europeo.

- Mediante el análisis de ADN de un toro es posible conocer con mucha probabilidad el encaste de origen, incluso la ganadería a la que pertenece.

- Las relaciones genéticas entre ganaderías, visualizadas a través del árbol de relaciones genéticas, permiten trazar el origen de las mismas hasta las castas fundacionales de procedencia, corroborando de una forma muy precisa el conocimiento histórico que tenemos sobre el origen de dichas ganaderías.

- La forma en la que los ganaderos de lidia han gestionado esta raza, aplicando técnicas genéticas de forma empírica, han hecho de esta raza un gran experimento genético que ha dado lugar a una explosión de familias, líneas o encastes, muchos de ellos en serio peligro de extinción.